Долгое время классификация некоторых групп простейших вызывала серьезные затруднения. Так, некоторые виды класса евгленовых (одноклеточных эукариотных организмов) автотрофны, что связывает их с царством растений, в то время как другие, гетеротрофы, питаются мелкой добычей или паразитируют, что приближает их к царству животных. Среди представителей одного вида встречаются и автотрофы и гетеротрофы. Именно для того, чтобы классифицировать такие организмы, было выделено царство простейших.
Это царство объединяет комплекс организмов-эукариотов, которые не могут быть отнесены ни к царству животных, ни к царству растений, ни к царству грибов. В него включают также упомянутые выше группы простейших (организмы, близкие к животным, но состоящие из одной клетки) и миксомицеты (выделенные из царства грибов, поскольку они могут поглощать твердые вещества и ползать, как животные).
По-другому царство простейших можно определить как комплекс организмов, состоящих из одной клетки с ядром. Оно включает, в частности, одноклеточные водоросли. Но вот проблема: одноклеточные и многоклеточные водоросли оказались в разных царствах – простейших и растений – и следовательно, и нынешняя классификация водорослей несовершенна. Вот почему некоторые классификации помещают все водоросли в царство простейших, где они составляют часть протофитов (простейших, имеющих сходство с растениями, поскольку они автотрофны).
